Panamà confina a ovest con il Costa Rica e ad est con la Colombia, e con entrambi i paesi è stato spesso in conflitto.
Nel punto più stretto misura soltanto 50 chilometri di larghezza, ma lo sviluppo delle coste è molto consistente: circa 1.160 chilometri sul versante caraibico e 1.690 chilometri sul Pacifico.
Il famoso canale è lungo 80 chilometri e separa il paese in due regioni distinte, una orientale e l'altra occidentale.
Nelle vicinanze delle coste panamensi sono disseminate centinaia di isole.
I due arcipelaghi maggiori sono quelli di San Blas e Bocas del Toro nel Mar dei Caraibi, anche se le migliori opportunità per le immersioni e la pesca d'altura sono da ricercarsi sul Pacifico, nei pressi dell'isola Coiba e delle isole Pearl.
Il territorio litoraneo è formato da pianure, mentre due catene montuose percorrono il paese per tutta la lunghezza.
La cima più alta è il Vulcano Barú, che misura 3.475 metri.
Le foreste pluviali dominano la zona intorno al canale, l'area nord-occidentale del paese e gran parte della regione orientale.
Il clima è generalmente caldo con una stagione secca, quella che va da dicembre ad aprile, ed una umida che va da maggio a ottobre.
Le piogge sono più consistenti sul versante caraibico degli altipiani, ma la maggioranza della popolazione si concentra sulla costa del Pacifico o nelle sue vicinanze.
Le temperature sono in genere calde in pianura (tra i 21°C e i 32°C) e fresche in montagna (tra i 10°C e i 18°C), con poche variazioni nel corso dell'anno.
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